1、保障对象不同
经济适用房的保障对象为当地城镇低收入住房困难家庭，与廉租住房保障对象衔接。限价商品房的保障对象为当地城镇中等收入以下住房困难家庭。
2、土地来源不同
经济适用房的土地为划拨方式取得，限价商品房的土地取得方式为出让。
3、销售价格不同
经济适用房的销售价格是在开发企业办理销售(预售)许可证之前，由物价部门确定。限价商品房的销售价格是在开发企业以出让方式取得土地前，在土地招拍挂文件中确定。经济适用房因为土地成本低(不含土地出让金)以及开发商利润受，它的销售价格低于限价商品房。
4、准购面积标准不同
经济适用房在购买资格审批时，会根据家庭人口确定核准购房建筑面积，而限价商品房没有准购面积。